태고종의 서울 3사로 널리 알려지고, 태고종 본산이면서 직할교구인 정토 백련사가 ‘재단법인 태고종 백련사 전법원’의 명의로 재단법인화 되었음이 뒤늦게 밝혀졌다. 정토백련사는 조계종과의 분규로 인하여 부득이 일부의 토지를 재단법인 태고종 백련사 전법원이란 명의로 서울특별시에 등록 허가를 받았다.(2003년 12월 법인설립). 신촌 봉원사도 조계종과의 분규사찰이었으나, 상호 조정에 의해서 일부 토지는 조계종 명의로 남았지만, 대웅전을 비롯한 봉원사 경내 일원의 토지 임야 등은 ‘한국불교태고종 봉원사’명의로 등기명이 변경되었다. 이로써 서울 3사 가운데 양주 청련사 만이 태고종 명의를 삭제하고, ‘재단법인 천년고찰 청련사’로 법인명이 변경되어 있으며, 천년고찰 청련사는 태고종에 명의등록만 되어 있을 뿐이다.